تفسیر
تفسیر سورہ رحمن (عربی)
تفسیر سورہ ق (عربی)
تفسیر آیت سیجنبہا الاتقی (عربی)
انوار یوسفیہ تفسیر سورہ یوسف (عربی)
حواشی قرآن (عربی)
حسناء عالیہ المہر فی تفسیر سورہ الدہر. (فارسی)
حدیث
ترجمۃ الاربعین: چالیس حدیثوں کی فارسی شرح
سیف مسلول: جامع الاصول سے بعض احادیث کا استخراج کر کے کلام فرمایا ہے (عربی)
نزع القوس من روضۃ الفردوس: روضۃ الفردوس کی چند احادیث کے متعلق گفتگو ہے۔
ترصیع الجواہر: جواہر سینہ سے احادیث قدسیہ کی تلخیص۔ (عربی)
جواہر الکلام ملقب با نہار الانوار: کافی کی اصول دین سے متعلق احادیث کی لطیف شرح ہے۔ (عربی)
التقاط اللئالی من الامالی: امالی صدوق کی منتخب احادیث (عربی)
روح الایمان۔ اصول دین کے متعلق چالیس حدیثوں کی شرح۔ (عربی)
علم کلام
روائح القرآن فی فضائل امنا الرحمن۔ (عربی):
حضرت علی بن ابی طالب و ذریت ائمہ طاہرین کے مناقب اور دشمنان اہل بیت کے مطاعن کے بیان میں ایک عظیم الشان کتاب ہے۔ ایک سو اکتیس آیتیں اہل سنت کی معتبر روایات و تفاسیر کی کتب سے بیان کی ہیں۔علامہ حلی کی کشف الحق و نہج الصدق میں مذکور آیات پر فضل بن روز بہان کے اعتراضات کا جواب دیا ہے۔ کتاب کے مقدمے میں بسم اللہ الرحمن الرحیم اور اھدنا الصراط المستقیم کی نفیس تفیسر اور کتاب کے آخر میں علامہ حلی کی کتاب اور اس کتاب میں موجود 9 فرق بیان کئے ہیں۔ 1257ھ میں 110 آیتوں پر ختم کر دی پھر اس میں باقی آیات کا اضافہ کیا۔ 1271ھ میں مکمل ہوئی اور 1277ھ میں چھپی اور 1278ھ میں اس کی طبع ختم ہو گئی۔
اس کتاب کا نام روح القرآن رکھا گیا بعد میں روائح القرآن رکھا گیا۔
نجف اشرف میں حجت الاسلام آقای شیخ مرتضی انصاری شوستری نے اس کتاب کے بارے میں کہا یہ کتاب ہمارے لئے فخر کا باعث ہے۔خداوند عالم اس کتاب کے فیوض کو ہمیشہ تا قیام قیامت بسیط برقرار رکھے جو مذہب حق کا قلعہ مستحکم اور خزانہ ہے۔
شعلہ جوالہ: احراق مصاحف کے متعلق نادر لطیف کتاب (عربی )
آتش پارہ: ترجمہ شعلہ جوالہ بزبان فارسی۔
بغیۃ الطالب فی اسلام ابی طالب (عربی ): حضرت ابو طالب کا مسلم و ناجی ہونا ثابت کیا ہے۔
جواہر عبقریہ: تحفہ اثنا عشریہ کے باب غیبت امام عصر کا لاجواب جواب ہے۔ (فارسی)
جواب منتہی الکلام: یہ مسودات پانچ جلدوں میں مرتب ہیں (فارسی)
روح الجنان فی مطاعن عثمان (عربی)
دلیل قوی (فارسی): اپنے استاد مولوی عبد القوی نے بیماری کے دوران خواب میں اصحاب خمسہ کو دیکھا۔ اسکے بعد اپنے استاد کیلئے اسے تصنیف کیا۔ یہ ایران میں بھی چھپ چکی ہے۔
مقتل عثمان (عربی)
تائید الاسلام: مسیحیون کے سوالات کا جواب (اُردو)
مطرفیہ فی الرد علی المتصوفہ (عربی)
نصر المومنین ملقب بمقام محمود: رد شبہات یہود مشتمل برمضامین لطیف و تحقیقات انیق (فارسی)
درہ بہیتہ در مبحث تقیہ۔
رسالہ رجعت
منابرالاسلام: نصائح، مواعظ اور اخلاق پر مشتمل دو جلدیں ہیں۔ (عربی)
مواعظ لقمانیہ: اس میں حضرت لقمان کے مواعظ جمع کر کے شرح کی ہے۔
رسائل مواعظ: ٣ جلد ایک رسالہ مولوی مہدی شاہ صاحب، دوسرا رسالہ مولوی سید اصغر حسین پاروی اور تیسرا رسالہ مولوی سید رفیق علی کیلئے تالیف کیا۔
موعظہ حسنہ۔
مجالس المواعظ ٥ جلد (اردو)
رسالہ برد سرہ ابواب الجنان
فقہ و اصول
شریعت غرّا: یہ کتاب فقہ استدلالی کے مطالب عالیہ کو بالتزام سجع دقاقبہ قالب فصاحت میں ڈھالا ہے۔ بحث اموات تک ہے۔ موت کی وجہ سے نامکمل رہی۔ (زبان عربی)
رشحۃ الافکار فی تحدید الاکرار: یہ رسالہ وجیزہ لائق (سید حسین علیین) کے مبحث کُر کی شرح ہے۔ (عربی)
اساور عسجدیہ علی مبحث الفوریہ: زمانہ تحصیل علم میں معالم الاصول کی بحث فوریت پر بطور حاشیہ لکھا۔ (عربی)
استحضار۔
نور الابصار فی مسائل الاصول والاخبار۔ (عربی)
کتاب القضا: منصب اقتا کے زمانہ میں یہ کتاب احکام قضا کے متعلق لکھی تھی۔(عربی)
نبراس فی حجیۃ القیاس (عربی)
جلجلۃ السحاب فی حجیۃ ظواہر الکتاب: جناب سید العلماء نے اس کی بیحد مدح تقریظ میں لکھی ہے۔(١٢٦٣ھ)
فوح العبیر فی الاحباط والتکفیر۔
صفحۃ الماس فی الارتماس: غسل ارتماسی کے آنی الحصول یا تدریجی الاصول ہونے کی تحقیق۔
سماء مدرار فی الاصول و الاخبار۔ ناتمام رہ گئی (عربی)
روض اریض فی منجزات المریض۔ (عربی)
معراج المومنین۔ در طہارت و صلواة (فارسی)
بناء الاسلام فی احکام الصیام (فارسی)
تحفہ حسینیہ فی حل عبارة من الصومیہ (عربی)
طریق جعفری۔ مسائل کا جواب (اُردو)
صلواة النار (فارسی)
لسان الصباح۔ تحقیق وقت صبح۔ (عربی)
اقبال خسروی دربیان طہارت وصلوة (بزبان اُردو)
حواشی درہ منظومہ (عربی)
تعلیقہ انیقہ: حواشی شرح لمعہ بر مباحث مشکلہ (عربی)
استقبال: حاج سید باقر رشتی کے رسالے تحفۃ الابرار کی بحث قبلہ پر بسیط حاشیہ ہے (فارسی)
منطق وفلسفہ وہیئت وہندسہ
تعلیقہ حسناء حواشی ملاحسن بر شرح سُلّم
حواشی شرح سلم ملا حمد اللہ
حواشی تحریر اقلیدس
جواب انتقاض انعکاس خاصتین۔
ترجمہ صدرا شرح ہدایت الحکمۃ تا فلکیات۔
حواشی ملا جلال
رسالہ در جواب شبہ ابن کیمونہ.
صرف ونحو، معانی وبیان وعروض، ادب اور طب میں تقریبا 60 تالیفات اور متفرقات میں 14 تالیفات لکھیں۔[36] ان میں سے کئی کتب اپنی نظیر آپ کی مصداق ہیں۔